El estudio afirma que altera la microbiota y por lo tanto produce un desorden en su funcionamiento. Por lo que es recomendable tomar Espelta, Chía, Kamut, que nos aportan los nutrientes suficientes.
Diferentes investigadores que han estudiado la microbiota intestinal de personas no celiacas, tras un mes de hacer una dieta sin gluten, demostraron que la pérdida de fibra tenía como consecuencia asociada una disminución de Bifidobacterium, Lactobacillus, Clostridium, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminicoccus bromii y Roseburia, así como un aumento de Enterobacteriaceae, E. coli y de las familias Victivallaceae, Clostridiaceae y Coriobacteriaceae. Este desorden y pérdida de la diversidad microbiana favorece el desarrollo de escenarios de disbiosis con pérdida en la producción de ácidos grasos de cadena corta y de otros metabolitos beneficiosos. Todo esto puede alterar el metabolismo y la inmunidad, lo que complican aún más la situación de inflamación, por la que originalmente se empezó el proceso.